Os primeiros registros históricos sobre a ocupação da terra de que viria a ser o município de São Gonçalo do Amarante datam do século XVII, a partir da existência do Engenho Potengi e da povoação de Uruaçu, que coincide coma época da invasão holandesa ao Brasil.
O Engenho Potengi pertencia a Estevão Machado de Miranda, cuja família, bem como os habitantes dos arredores, por manterem uma postura firme aos ataques dos holandeses, em 1945, foram vítimas de um massacre imposto pelos holandeses, que ao chegarem à localidade quiseram impor o domínio militar, cultural e religioso. Os habitantes não aceitaram as imposições dos invasores e a tragédia que vitimou toda uma comunidade indefesa entrou para a história como o Massacre de Uruaçu, quando os holandeses mataram cerca de 80 pessoas. Esse episódio entrou para a história como um momento ímpar de resistência, de fé e de defesa dos princípios de liberdade.
No ano de 1698, os holandeses afastaram-se do povoado e começaram a chegar os primeiros grupos de pioneiros exploradores, vindos de Pernambuco. Entre eles, os portugueses Ambrósio Miguel de Sirinhaém e Pascoal Gomes de Lima, que chegaram ao povoado no ano de 1710, instalaram suas famílias nas proximidades do rio Potengi, na vizinhança do antigo e histórico Engenho Potengi que deu início a organização do novo povoamento. Foram esses portugueses que construíram dois sobrados e uma capela em homenagem a São Gonçalo do Amarante, com a imagem do santo padroeiro esculpida em pedra e colocada imponentemente no altar, consolidando o povoado de São Gonçalo do Amarante.
Em 11 de abril de 1833, foi criado o município por deliberação do Conselho da Província , sendo um desmembramento do território de Natal. Em 1835 a localidade foi elevada a categoria de vila.
A fundação de São Gonçalo do Amarante decorreu de uma decisão motivada pela necessidade de reafirmar a posse da terra pela coroa portuguesa e defender os possíveis interesses de outros povos.
Em 1938 São Gonçalo do Amarante foi elevado a categoria de cidade pelo Decreto estadual n.º 457. Sob a denominação de Felipe Camarão volta o atual município a ser em 1943 uma Vila de Macaíba. Apenas em 1958 São Gonçalo do Amarante consegue a sua independência política em Lei aprovada pela Assembleia Legislativa e sancionada pelo então governador Dinarte Mariz